Le transport maritime produit des déchets, eaux de lavage des citernes, eaux de ballast, cendres d’incinérateurs, déchets ménagers et de maintenance et – nouveauté – des résidus solides soufrés provenant de la désulfuration des fumées. La mer a aussi ses décharges coutumières de munitions, de déchets chimiques et radioactifs. Les effets sur les organismes marins sont mal connus et ne sont pas recherchés. Des milliers d’épaves sont dispersées dans les eaux côtières ou les fonds océaniques. Certaines d’entre elles contiennent encore des cargaisons toxiques ou explosives.